تازه های زیست شناسی:
چند نکته که در طراحی پرایمر باید به آن ها توجه کرد:
@b
طول متوسط هر آغازگر بین ۱۸ تا ۳۰ جفت بازاست آغازگر با طول کوچک اتصال غیراختصاصی را افزایش میدهد و آغازگر بزرگتر سرعت هیبریداسیون را کم میکند. مقدار G C دو آغازگر باهم مشابه بوده و حدود ۵۰- ۶۰ درصد باشد. آغازگرها باید ازنظر مکمل بودن باهم کنترل شوند. آغازگرها با انتهای مکمل َ۳ مستعد تشکیل دایمر هستند. در انتهای َ۳ آغازگر باید حداقل یک C یا G قرار گیرد در توالیهای آغازگرهایی که انتهای َ۳ آنها غنی ازG+C میباشد احتمال اتصال اشتباهی افزایش مییابد.
@bi
باید تا حد امکان از توالی¬های پالیندرومیک داخل آغازگرها جلوگیری کرد. نسبت چهار نوکلئوتید در آغازگر حتیالمقدور یکسان باشد. آغازگر بهتوالی تکرارشونده ختم نشود. دمای Tm دو آغازگر نزدیک هم باشد. حد بهینه دمای اتصال آغازگر طراحیشده باید بین ۶۵ تا ۵۵ باشد.
@
چند نکته که در طراحی پرایمر باید به آن ها توجه کرد:
@b
طول متوسط هر آغازگر بین ۱۸ تا ۳۰ جفت بازاست آغازگر با طول کوچک اتصال غیراختصاصی را افزایش میدهد و آغازگر بزرگتر سرعت هیبریداسیون را کم میکند. مقدار G C دو آغازگر باهم مشابه بوده و حدود ۵۰- ۶۰ درصد باشد. آغازگرها باید ازنظر مکمل بودن باهم کنترل شوند. آغازگرها با انتهای مکمل َ۳ مستعد تشکیل دایمر هستند. در انتهای َ۳ آغازگر باید حداقل یک C یا G قرار گیرد در توالیهای آغازگرهایی که انتهای َ۳ آنها غنی ازG+C میباشد احتمال اتصال اشتباهی افزایش مییابد.
@bi
باید تا حد امکان از توالی¬های پالیندرومیک داخل آغازگرها جلوگیری کرد. نسبت چهار نوکلئوتید در آغازگر حتیالمقدور یکسان باشد. آغازگر بهتوالی تکرارشونده ختم نشود. دمای Tm دو آغازگر نزدیک هم باشد. حد بهینه دمای اتصال آغازگر طراحیشده باید بین ۶۵ تا ۵۵ باشد.
@